治疗长期肠炎时，首先可口服双歧杆菌四联活菌片或酪酸梭杆菌片等益生菌调理肠道菌群平衡，减轻腹泻。口服消化酶片、复方胰酶片、复方阿嗪米特片等协助消化的药物，减轻腹泻、腹胀。口服匹维溴铵片缓解腹部疼痛。口服复方谷胺酰胺片保护肠黏膜，减轻肠道炎症。部分病人可酌情使用枫蓼肠胃康分散片、固本益肠丸等中成药调理。长期肠炎病人可能会出现腹部疼痛、腹泻、腹鸣、里急后重、大便稀烂、糊状或者大便不成形、稀水样便，因此影响生活质量。同时所有患者需要饮食清淡，容易消化，规律作息，规律就餐，避免进食辛辣刺激食物，不能吸烟饮酒。