肛乳头肥大主要是由于肛窦炎、肛乳头炎导致，一般是由于肛腺损伤，与感染肛腺集中于肛管的后壁，呈分支状。肛窦开口朝上，引流比较差，容易储藏粪便引发感染和损伤。肛窦感染以后可波及临近的肛乳头，人体性激素可以调节肛腺的发育，雄激素对肛腺癌的增生与萎缩影响比较大。新生儿体内由母体带来较多的雄激素，故肛周感染比较多，男性及青壮年雄激素比较多，故而肛腺感染比较多。肛窦炎、肛乳头肥大常发生于青壮年。肛乳头肥大主要是肛乳头慢性炎症变化的结果，在镜下可见纤维母细胞增生，有时也有少量的小血管增生。