对于阴茎短小的治疗应根据不同的病因而确定治疗方案，主要分为内分泌治疗和手术治疗两种方式。对于阴茎短小并伴有睾酮水平降低时，可以通过口服或肌注补充睾酮，需要注意检查前列腺抗原，如果前列腺抗原高，则不建议补充睾酮激素。对于阴茎发育稳定后，勃起长度小于七厘米，并且内科治疗无效时，可考虑使用手术治疗，但即使是手术治疗也难以达到正常人的水平，因此提前告知患者，以免患者期望值过高。