治疗腔隙性脑梗塞是找出病因，是原位的血栓形成、心源性的栓塞，还是动脉—动脉的栓塞，或其它原因，如血管炎等疾病，所以需针对病因进行治疗。患腔隙性脑梗塞后，通常建议做脑血管病的二级预防，目的是使其减少发病次数和发病程度。若患者患高血压需控制血压；若患动脉粥样硬化、斑块、血脂增高，需服用他汀类药物，也可用一些预防血栓、血小板聚集的药物，避免腔隙性脑梗塞复发，建议平时改善不良的生活方式和生活习惯。