内分泌失调可以见于多种疾病，不同的疾病需要用不同的药物治疗。甲状腺功能亢进可以用甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等药物治疗，必要时用碘-131放疗。甲状腺功能减退可以用甲状腺素或者是左甲状腺素等药物治疗，肾上腺皮质功能减退可以用泼尼松或者是地塞米松等药物治疗。肾上腺功能亢进则多和肾上腺增生或者肿瘤有关，需要考虑手术治疗，药物治疗效果不理想。如果是雌激素分泌不足，可以用己烯雌酚等药物治疗，更年期综合征可以用尼尔雌醇等药物治疗，雄性激素分泌旺盛也可以用己烯雌酚等药物对抗，雄性激素分泌减少可以用睾酮等药物做替代治疗。