对于疱疹病毒性角膜炎的药物治疗方法，主要选用抗病毒的药物，比如碘苷，又名疱疹净，主要适用于初次发作的病例，对于多次反复发作的病例，应该改用其他药物为宜。阿糖胞苷也有一定的治疗效果，但是对于正常的细胞毒性较大，故常用它的衍生物环胞干。三氮唑核苷又名病毒唑，为广谱抗病毒药物，疗效一般讲好，而且对于正常细胞的毒性颇低。无环鸟苷又名阿昔洛韦，为较为有效的抗病毒药物，特别是对于疱疹病毒，有明显的抑制作用。其他抗病毒的药物如阿糖腺苷，三氟胸腺嘧啶核苷等等，亦可选用肾上腺皮质激素，因为肾上腺皮质激素有抑制角膜免疫反应和抗炎的作用。