肾积水的原因分为先天性和后天性两类。第一，先天性梗阻病因，阶段性的无功能是由于肾盂、输尿管交界处或上段输尿管阶段性的肌肉缺如，发育不全或者是解剖结构紊乱，影响了此段输尿管的正常蠕动，造成动力性梗阻。第二，内在输尿管狭窄，大多发生在肾盂、输尿管交界处，狭窄段通常为1到2毫米，也可长达1到3厘米产生不完全梗阻和继发性扭曲，造成肾积水。第三，输尿管扭曲黏连，此为先天性也可能为后天获得性，常发生在肾盂输尿管交界处，输尿管腰段，儿童与婴儿几乎占三分之二。第四，异位血管压迫，异位血管压迫于肾盂输尿管交界处的前方，会引起肾积水。第五，输尿管高位开口可以是先天性的，也可以因肾盂周围纤维化或者是膀胱输尿管回流等无症状肾盂扩张导致肾盂输尿管交接部位相对向上迁移，可引发肾积水。第六，其他先天性输尿管异位、囊肿或者是双输尿管等可引起肾积水。后天获得性梗阻也可引起肾积水，如炎症，缺血，膀胱回流造成的输尿管扭曲，肾盂与输尿管的肿瘤、息肉型生物，异位肾脏，肾脏结石和外伤后引起的瘢痕狭窄均会造成肾积水。外来的原因也会造成肾积水，包括动脉静脉病灶，女性生殖系统病变，盆腔肿瘤炎症，胃肠道病变等，腹膜后病变均会造成梗阻引起肾积水。另外下尿路的各种疾病造成的梗阻，如前列腺增生，膀胱挛缩，尿道狭窄，肿瘤，结石，甚至于包茎等均会造成肾积水。