藿香正气合剂和藿香正气水主要在制剂方面是有区别的。藿香正气合剂是不含酒精成分的，而藿香正气水则含有酒精成分，是经过乙醇提取的。因为藿香正气水中含有乙醇，所以藿香正气水服用之后，不能与头孢菌素类，比如头孢氨苄、头孢呋辛酯、头孢他啶、甲硝唑、替硝唑、酮康唑、呋喃唑酮等药物联合使用，否则可出现双硫仑样反应。藿香正气合剂与藿香正气水均可以用于外感风寒、内伤湿滞或者夏伤暑湿所致的感冒。