五型磷酸二酯酶是西地那非的作用靶点，磷酸二酯酶是一氧化氮cGMP通路的负调节因子，通过催化cGMP 的分解而调低一氧化碳的作用。一般认为体内的一氧化碳是一个调节血管平滑肌扩张的因子，因而磷酸二酯酶的作用结果是促进血管平滑肌的收缩。西地纳非主要的不良反应来自于对人体其他部位磷酸二脂酶的抑制作用，常见的不良反应有头晕、鼻塞、消化不良以及一过性的视觉异常。这种异常可能表现为蓝绿颜色辨别异常，光感增强及视物模糊，以上这些不良反应大多是由于相关的平滑肌松弛造成的。另外西地那非比较严重的不良反应还包括卧位血压下降和心输出量下降。此外，临床研究显示，西地那非发生心脏异常的几率增加，包括心绞疼、头晕、恶心等症状，还有可能造成心源性猝死。西地那非禁止与一氧化氮供体（如任何一种短效或长效硝酸脂类药物）合用，因为已有西地那非与一氧化碳共体合用，引起严重低血压而导致死亡的报告。