肌腱囊肿可根据囊肿的大小、临床症状而采取保守治疗或者是手术治疗的方式。对于较小的肌腱囊肿、临床症状较轻的肌腱囊肿，最好佩戴一些护具或者护腕等，以减少囊肿肌腱处的活动量。另外，也可以给予局部的温热毛巾热敷理疗，或者是涂一些具有活血化瘀作用的中成药，如红花油或者正骨水等，都可以减轻肌腱囊肿的体积。对于伴有疼痛的肌腱囊肿，则可以给予对症的非甾体类的消炎药。而对于体积较大的肌腱囊肿，或者是经以上治疗效果不佳的肌腱囊肿，则需要采取手术彻底切除的方式，来进行对症治疗。