长期吃头孢是有副作用的。因为如果长期服用头孢菌素类的药物，很可能会造成一些副作用。表现为，肠道的菌群出现失调，肠道的微生态环境出现异常，容易导致出现腹泻或者便秘，尤其会导致肠道功能紊乱，对患者造成不良的影响。严重还可能会引起伪膜性的肠炎发生，导致持续性的间断性的腹泻，引起电解质的紊乱，以及出现了脱水的状态，导致机体的微生态环境出现平衡失调。因此，不能够长期吃头孢菌素类药物，要在医生指导下来服用。如果出现了这种副作用，还可以适当的使用益生菌来缓解。