急性肠炎没有及时的治疗，逐渐会演变成慢性复发型、慢性持续型肠炎，甚至还可以出现中毒性巨结肠、肠穿孔、脓毒血症等并发症。慢性持续型肠炎，发病可持续数周至数年，可有轻重不等的腹泻、间断血便、腹痛以及全身症状，期间可伴随有急性发作。慢性复发型在临床上最为常见，该型症状较轻，治疗后可有长短不一的缓解期。高峰期多在春秋季，有的患者可转变为慢性持续型。除爆发型外，各型之间可以相互转化。