临床上治疗囊肿常用的药物主要有以下几种：一、小金丸、活血化瘀膏。主要针对体积较小的甲状腺囊肿、乳腺囊肿，患者可通过口服小金丸，局部外敷活血化瘀膏，可起到促进囊肿自行吸收、改善囊肿处血液循环、避免囊肿体积进行性增大造成局部的压迫症状。部分患者通过小金丸和活血化瘀膏的治疗，可使囊肿体积进行性缩小甚至完全消失，不需要行手术治疗。二、聚桂醇和无水酒精也是临床上治疗囊肿常用的药物。主要针对体积较大的囊肿无法完全吸收，可通过抽吸出囊肿内囊液后，将聚桂醇和无水酒精注入到囊肿内，破坏囊壁的黏液细胞从而促进囊肿自行吸收、萎缩。