治疗直肠炎的药物，主要有头孢或左氧氟沙星，氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等，或者是肠道微生态制剂，如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，酪酸菌等。直肠炎，可以分为急性和慢性。急性直肠炎常由病毒或细菌感染引起。患者可以做血常规检查，血常规显示白细胞、中性粒细胞升高的，就是细菌性引起的急性直肠炎，可以选择头孢或左氧氟沙星治疗。如果血常规显示白细胞、中性粒细胞正常，就是病毒感染引起。可以选择肠道微生态制剂，如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，酪酸菌等，或者是黄连素，蒙脱石散等止泻治疗。慢性直肠炎，常见于溃疡性结肠炎，是一种多因素引起的，与自身免疫异常相关的慢性反复发作性的肠道炎症。可以选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等治疗。需要治疗两年以上，有些患者需要终身维持治疗。