重症肺炎反复发热的原因主要有：第一，药物未能覆盖致病菌，也就是说没有良好的控制住这个病因。目前常见的病因是细菌、病毒以及真菌，可能药物没有完全覆盖。这种情况一定要尽快的明确感染的因素，要进行痰培养、血培养等各种检查，尽快的明确病因，然后再根据病因做出调整治疗方案。第二，特殊病原体感染。比如说结核杆菌感染，这种情况一定要进行积极的抗结核治疗，才能够控制病情。第三，出现并发症或者存在影响疗效的宿主因素。也就是说，病人存在一些免疫抑制状态，比如说合并存在艾滋病，存在肿瘤，或者存在慢性的肝病等。一定要寻找可能存在的因素。第四，非感染性的疾病。第五，药物热。一定要仔细的分析病史，做出必要的检查，然后综合的分析，再进行相应的处理。