两侧基底节区腔隙性脑梗塞的治疗方法有以下几种：第一，抗血小板聚集治疗，应在发病后早期尽早给予口服阿司匹林或氯吡格雷的抗血小板治疗。第二，降纤治疗，对于高纤维蛋白血症的患者，可选用降纤治疗，常用的药物包括巴曲酶、降纤酶和安克洛酶等。第三，神经保护治疗，依达拉奉是一种抗氧化剂和自由基清除剂，能改善急性脑梗塞的功能结局并安全。第四，丁苯酞治疗，丁苯酞具有开发侧枝循环的功能，可改善临床症状。