吴茱萸有止呕、抗溃疡、健胃作用、镇痛作用、抗血栓形成、抗菌、抗病毒、保肝作用，用于厥阴头疼、寒症腹疼、寒湿脚气、经行腹疼、腹胀痛、呕吐吞酸、五更泄泻，外治口疮、高血压。并且有散寒止痛的作用，包括温经，用于经脉受寒的头痛、腹痛、痛经、温肝经脉。而温中的作用是指凡胃寒或脾胃有寒的均可广泛使用，例如用于寒滞肝脉诸痛证。本品辛散苦泄、性热祛寒，既散肝经之寒邪，又解肝经之郁滞，为治肝寒气滞诸痛的要药。治寒痛腹痛，常与小茴香、木香等配伍，如导气汤。