原发性肾小球疾病的发病机制尚未完全明确，多数肾小球疾病是免疫介导性炎症疾病。一般认为免疫反应是肾小球疾病的启动机制，在此基础上，炎症介质如补体、细胞因子、活性氧等参与，最后导致肾小球损伤并产生临床症状。在肾小球疾病的慢性进展过程中，也有非免疫、非炎症机制参与。此外，遗传因素在肾小球疾病的易感性、疾病的严重性和治疗反应方面起重要作用。继发性的肾小球的疾病原因可以是感染，也可以是代谢因素或者是系统性疾病，如急性链球菌感染后肾炎、糖尿病肾病、高血压肾损害以及狼疮性肾炎等。