扁平疣常用的外用药有干扰素凝胶、5-氟尿嘧啶的水剂或膏剂以及咪喹莫特药膏，此类药物是通过刺激局部的免疫反应，改善局部的炎症状态来清除病毒，提高免疫力。中药的药水煎水外洗、外擦、外敷，此类药水需要40-42℃的温度，搓洗皮肤至淡红色为好。常用的中药处方为土茯苓、百部、蚤休、苡仁、蛇床子，露蜂房，灵磁石等。此类药物中医认为有清热解毒燥湿，促进局部炎症状态改善的目的。怀疑是扁平疣的病历要积极的治疗、密切的随访，三个月内不出现新的皮疹，可基本判定为痊愈。