怀孕三个多月肚子痛的原因有：如果怀孕每天感觉到隐隐的作痛，休息后有所缓解，一般考虑生理性的可能性大；如果腹痛明显，或伴有阴道异常出血的表现，则应提高警惕，以防先兆流产等疾病的发生。应及时医院检查B超，对症治疗，尽量保胎治疗。同时建议孕妇怀孕期间注意休息，避免剧烈运动，合理饮食，均衡营养，多吃蔬菜水果和容易消化的食物，保持规律的作息，避免熬夜，定期检查。如腹痛异常，阴道出血，无论是什么原因，均应及时医院就诊，以免延误病情。