性生活后小便时尿道刺痛的原因可能为尿道炎，膀胱炎等疾病所引起。尿道炎是一种常见的性传播疾病，传播方式为性传播，主要为不洁的性生活所导致，会引起尿道刺痛，尿道烧灼感，尿道口脓性分泌物等症状，可提取局部的分泌物进行涂片培养，确定致病菌的类型，然后使用抗生素药物予以控制，夫妻双方应同时进行治疗。性生活后小便尿道刺痛，还可能为膀胱炎所导致，主要出现于女性群体当中，由于女性阴道口，与尿道口位置相近，致病菌会进入尿道内，引起膀胱炎，从而进一步引发尿道刺痛。