三个月宝宝咳嗽，这种情况有可能是属于炎症感染的原因造成，也可能是非感染性的原因引起。因此需要查明病因，针对性的采取药物治疗。如果是属于炎症感染的原因所致，可以查明病原体，并且针对病原体应用抗病毒的药物，或者抗生素等药物治疗，并且做好对症处理，如果是属于非感染性的原因，可能是过敏性的原因，可以查明过敏原，并且脱离或者避免接触过敏原，应用抗过敏的药物进行治疗。