切除扁桃体后扁桃体的局部会形成瘢痕，可能会引起咽部的紧绷感或者牵扯感，这种情况下可以做大张口的运动，逐渐的不适症状也会缓解。有的人扁桃体过于肥大，切除扁桃体后咽腔变得比较宽敞，进食时有可能会出现呛咳尤其是鼻腔呛咳。切除扁桃体后由于扁桃体是内淋巴环的一组，在切除扁桃体后其他的淋巴组织会代偿扁桃体的功能出现增生，如果是小孩有可能引起腺体增生，如果是成人可能会引起舌根的扁桃体或者咽后壁的淋巴滤泡增生等，切除扁桃体对免疫系统没有明显的影响。