肠炎的治疗原则是控制急性发作，促进粘膜愈合，维持缓解，减少复发，防止并发症。由于肠炎的主要原因是病菌，所以治疗上首先要控制炎症反应，在医生指导下可以选用5-氨基水杨酸类药物，抑制肠黏膜的前列腺素合成和炎症介质白三烯的形成，对肠道炎症有显著的抗炎作用。主要的药物包括柳氮磺吡啶、奥沙拉嗪、美沙拉嗪等；对于急性发作期可用糖皮质激素类药物，如口服泼尼松0.75-1mg/kg,或静脉滴注氢化可的松300mg/d。