肛门直肠周围脓肿发生的主要原因是由于肛腺感染，肛腺发生感染以后，感染会通过肛门周围肌肉的间隙以及淋巴管蔓延至肛门直肠周围间隙，就会引发肛门直肠周围间隙内出现脓肿。而导致肛腺感染的原因有很多，例如患者肠道菌群失调、细菌移位、大便习惯不好，例如出现便秘或者腹泻、导致免疫力下降的疾病、肛门局部的外伤等等都有可能会导致肛窦炎。而肛窦炎会堵塞肛腺开口，导致腺液分泌不畅，从而引发肛腺炎。