三个月宝宝拉肚子，因为年龄小，所以不建议吃止泻的药物。它的治疗主要是通过以下药物进行治疗：调节肠道菌群的药物。可以给宝宝吃妈咪爱、双歧杆菌、蜡样芽孢杆菌等等，进行调节肠道菌群的治疗。保护胃肠道的治疗。可以给宝宝吃蒙脱石散、蒙脱石混悬液，保护胃肠道黏膜。可以给宝宝补充锌剂。补充锌剂的目的，主要是促进宝宝胃肠道粘膜的修复。比如说赖氨葡锌颗粒等等。如果宝宝拉肚子比较重的话要注意宝宝的脱水及电解质紊乱、酸碱失衡等问题。因为三个月宝宝本身血流量就比较少，如果拉肚子的话很容易引起脱水、电解质紊乱的症状。如果宝宝有脱水的话需要继续补液，同时调整酸碱失衡，调整电解质紊乱。