非细菌性前列腺炎需要根据不同的病因使用针对性的药物，需要在医生指导下使用。常用的药物有可使用α受体阻滞剂、植物制剂、非甾体抗炎镇痛药、M受体阻滞剂、抗抑郁药及抗焦虑药等。α受体阻滞剂能松弛前列腺和膀胱等部位的平滑肌而改善下尿路症状和疼痛，因而成为治疗无菌性前列腺炎的基本药物，常用的药物有：多沙唑嗪、坦索罗辛等；植物制剂因具有非特异性抗炎、抗水肿、促进膀胱逼尿肌收缩与尿道平滑肌松弛等作用而用于无菌性前列腺炎，常用的有沙巴棕及其浸膏等；非甾体抗炎镇痛药如塞来昔布能够缓解无菌性前列腺炎患者的疼痛不适症状；M受体阻滞剂主要用于伴有膀胱过度活动症表现如尿急、尿频和夜尿但无尿路梗阻的前列腺炎患者，如托特罗定等。对合并抑郁、焦虑等心境障碍的无菌性前列腺炎患者，在治疗前列腺炎的同时，可选择使用抗抑郁药及抗焦虑药治疗。这些药物既可以改善患者心境障碍症状，还可解排尿异常与疼痛等躯体症状，主要有选择性5-羟色胺再摄取抑制剂、三环类抗抑郁剂和苯二氮卓类等。