对于病毒性角膜炎的药物治疗方法，主要是选择抗病毒的药物，比如说碘苷，又名疱疹净，主要适用于初次发生的病例。对于多次反复发作的病例，应该改用其他的药物为宜。阿糖胞苷也有一定的治疗病毒性角膜炎的效果，但与正常的细胞毒性比较大，故长使用它的衍生物环胞苷。另外，三氮唑核苷，又名病毒唑为广谱抗病毒药物疗效一般比较好，而且对于正常细胞的毒性比较低。阿昔洛韦为最长有效的抗病毒药物，特别是对于疱疹病毒有明显的抑制作用。其他抗病毒的药物如阿糖腺苷，三氟胸腺嘧啶核苷等，也可选用肾上腺皮质激素，因为肾上腺皮质激素有抑制角膜免疫反应和抗炎的作用。