小便的时候尿道刺痛常常提示有尿道感染，病人发生尿道感染时，会引起尿道黏膜糜烂、破损，会出现尿道刺痛症状。病人出现尿道刺痛时需及时到泌尿外科就医，通过尿液检查常常能发现细菌数升高、白细胞升高，通过尿培养会找到致病微生物，通过选择有效的抗生素，如阿奇霉素分散片、头孢克洛缓释片、呋喃妥因肠溶片、甲砜霉素等，序贯治疗4-6周左右，多数病人小便时尿道刺痛症状会彻底好转。