脑血栓患者发病时间在六小时之内，有溶栓适应证，无禁忌证的情况下，应尽量的溶栓治疗，常用的药物有阿替普酶、尿激酶和瑞替普酶，发病时间超过六小时无溶栓适应证时，应尽早的应用抗血小板聚集的药物，常用的有阿司匹林和氯吡格雷，同时要调脂稳定斑块，常用药物有辛伐他汀、瑞舒伐他汀和阿托伐他汀钙等，并给予脑保护，改善血液循环和保护线粒体治疗。脑保护药物有脑蛋白水解物、奥拉西坦，改善血液循环药物有舒血宁和疏血通，保护线粒体的药物有丁苯酞，如果是心源性的脑栓塞或者是大面积脑梗塞，长期卧床，有下肢深静脉血栓形成风险时，可以进行抗凝治疗，常用药物有肝素和低分子肝素等。