甲硝唑主要用于治疗和预防厌氧菌引起的系统或局部感染，例如腹腔消化道，女性生殖道，下呼吸道，皮肤软组织，骨和关节等部位的厌氧菌感染。常见的不良反应有消化道症状，包括恶心，呕吐，食欲不振，腹部绞痛等。少见的还有神经系统症状，例如头晕，头痛，感觉异常，肢体麻木，共济失调。大剂量甲硝唑可以导致抽搐，少数病例可以发生荨麻疹，潮红皮肤瘙痒，膀胱炎排尿困难，白细胞减少等。在停药后可以自行恢复，有活动性中枢神经系统疾病和血液病者禁用，甲硝唑在妊娠期和哺乳期的女性是禁用的。