肝内胆管结石治疗最好的方法就是手术，可以通过手术取净结石。可以在术中行碎石器械碎石治疗，还可以用胆道镜取石，术中可以应用胆道造影，超声来明确结石的数量和部位。可以行胆管切开取石，切开狭窄的部位，然后取出结石，操作一定要细致，一定要细心，取净结石。还可以行胆肠吻合术，它可以促进胆汁的排出。如果肝内胆管结石导致的炎症，狭窄，长期的细菌感染还容易导致肝脏局部萎缩，纤维化，功能丧失，还应当切除病变的肝。所以肝内胆管结石的治疗就是手术，术后还应当注意饮食，还有生活习惯的调理，防止结石复发。