婴儿消化不良的药物有几大类：1、比较常用的就是益生菌类，属于生物调节剂，使用起来比较安全，常用的益生菌有亿活、妈咪爱、培菲康、金双歧、思连康等，种类很多；2、还有中药类，例如小儿健脾颗粒、山麦健脾口服液、参苓口服液、醒脾养儿颗粒等，但是在使用中药时，尽量请专业的中医师进行指导，不容易使药物的作用略偏；3、还有一些消化药物，比如消化酶类的胃蛋白酶、复方蛋白酶或者乳糖酶等，帮助肠道酶的补充，完善消化功能。宝宝消化不良时，可以使用上述药物调理，但主要的作用也仅仅是调理。消化不良时更需要注意在饮食方面的调整，平时可以记录饮食日记，宝宝对哪些食物出现消化不良的几率会大一些，暂停或者减量进食这类的食物。随着婴儿年龄、月龄的增长，对这些食物可能逐渐会耐受，能够逐渐的接受。