阴茎根部隐隐作痛，要检查阴茎根部的毛囊是否发炎；如果局部毛囊有肿大，有发红，这可能就是局部毛囊炎导致。也要注意是否有前列腺炎，是否有结石导致。很多输尿管结石向下移动时，它会向阴茎根部放射，就会出现阴茎根部疼痛，有前列腺炎可能会出现引起根部、耻骨上区、会阴部胀痛等。建议应该检查清楚什么原因引起的阴茎根部隐隐作痛，再对原发病进行治疗。绝大多数都是一般性的炎症导致，一般都不严重。