巧克力囊肿术后为了防止复发，可以选择一线药物。包括非甾体抗炎药、口服避孕药以及高效孕激素。二线药物包括gnrha-左炔诺孕酮宫内缓释系统，也就是曼月乐环。对于巧囊的患者，由于手术后症状复发率较高，年复发率可高达10%。所以术后应服以药物治疗，并长期管理。可根据病情，选择一线或二线药物用于术后治疗。以减少卵巢子宫内膜异位囊肿和疼痛的复发。但是，大多数药物在停药后症状会很快地再现。卵巢巧克力囊肿主要是卵巢型内异症，典型情况下，传致性血液主要在囊内，形成咖啡色粘稠液体，形似巧克力。