1、科属区别。芥菜时十字花科芸苔属一年生草本植物，别称盖菜、芥、挂菜，在我国各地皆有栽培，叶片可供盐腌供食用，而种子和全草可供药用。而荠菜是十字花科荠属一年生或二年生草本植物，别称荠荠菜、地丁菜、地菜、花花菜、菱角菜等，多为野生，现如今也有地区少量的栽培，它的根系也可药。

2、外形区别。芥菜茎直立，有分枝，可高达30-150厘米，它的品种比较多，有时幼茎和叶具有刺毛，靠近闻之有一股独特的辣味。它的叶片宽卵形至倒卵形，边缘有有缺刻和牙齿，有所为圆钝锯齿状。而荠菜多分枝，茎较细，叶子都呈分散的片状，边缘带有据齿，味道比较独特，很多时候如果没有好的分辨方法，可以通过味道来区别它们。

3、营养价值区别。它们在营养上的区别也比较大，芥菜富含维生素A、维生素B、维生素C、胡萝卜素，以及含有钾、钙、磷等微量元素，对人体的益处极大。而荠菜富含膳食纤维，还有多种维生素和矿物质，另外还含有胆碱、乙酸胆碱、芥菜碱、黄酮类等成分，这些物质能治疗多种疾病。

4、功效区别。上面说过它们除了食用价值外，还可以入药，芥菜具有提神醒脑，解除疲劳的功效，此外还有消肿解毒、化痰平喘。预防多种疾病的作用。而荠菜的功效更为强大，具有和脾、利水、止血、明目的功效，由于富含膳食纤维，能促进肠胃蠕动，预防多种疾病，还含有多种生物碱，能预防癌症、将血压。