肛瘘手术后疤痕疼痛，首先应该排除疤痕是否存在感染的现象。如果确实存在感染，那么可以选择用肛门洗剂或者是高锰酸钾溶液坐浴，然后配合莫匹罗星软膏外涂，起到消炎抗感染的效果。同时注意保持疤痕部位的干燥卫生，饮食清淡，这样的话可以促进创面的愈合。但是如果是单纯的疤痕增生引起的疼痛，那么则需要去医院的皮肤科对症处理，选择药物进行治疗，尽可能的清除疤痕。而且患者应该多做提肛运动，局部按摩热敷，也可以缓解术后疤痕的疼痛，促进疤痕进一步软化。