目前并没有可用于治疗hpv感染的特异性的抗病毒方法。现有的方法主要集中在破坏和消除可见病变或诱导针对受感染细胞的细胞毒效应。由于疣的良性和自限性，应避免因治疗而引起的斑痕。没有证据表明激进治疗可以带来更好的长期疗效，短期间断性治疗是一种选择。儿童的寻常疣常常自行消退，因此如何治疗是需要商榷的。具体来说，治疗的办法有以下几种；第一，局部破坏性治疗。可以用冷冻、电切除、剃除、刮除、激光、气化和外科切除等治疗办法。第二，局部和病灶内的细胞毒性疗法。可以用鬼臼树脂来治疗。第三，局部免疫调节治疗。咪喹莫特是一种具有免疫调节作用的咪唑喹啉胺类复合物，它可用于治疗尖锐湿疣。可使单核细胞、巨噬细胞细胞因子的分泌活化及刺激抗原呈递细胞。此外，还可用系统性免疫调节剂治疗，比如干扰素治疗生殖器疣。此外，还可以用免疫治疗、抗病毒治疗以及维A酸类治疗。