临床上能够引起咳棕色痰的原因有很多，主要考虑是呼吸系统相关疾病引起的症状。可能的呼吸系统相关疾病包括：急慢性咽炎、急慢性支气管炎、肺炎、肺结核、肺气肿、支气管扩张、肺脓肿和肺恶性肿瘤等。想要明确病因，需要进行相关检查，包括电子喉镜检查、双肺CT检查、结核菌素实验、痰细菌培养和药敏实验，血常规、降钙素原、血沉、肺肿瘤标志物检查等。根据检查结果，才可以明确病因，然后再对症治疗，吸烟的患者需要及早戒烟。