如果肛瘘手术后出现疼痛，应当及时的查看伤口，可以行直肠指诊，防止出现脓肿的形成，如果肛瘘手术后创面继发感染出现脓肿，还应当积极的行手术治疗，可以行脓肿切开引流，使脓腔引流通畅，积极的给予中药熏洗，促进创面的愈合。如果肛瘘手术后排大便干结，干结的粪便有时会刺激术后的创面导致疼痛，应当积极的给予药物治疗，可以口服容积性泻剂，促使大便的顺利排出。便后应用中药熏洗，减轻疼痛，常用的药物有五倍子汤或苦参汤，如果术后疼痛比较剧烈，还可以应用止痛药物口服。