有器质性病变需治疗原发病，感染性腹泻需根据病原体进行治疗，胆盐重吸收障碍所致者可用考来烯胺，慢性胰腺炎可补充胰酶等消化酶，过敏或药物相关性腹泻应避免接触过敏原、停用相关药物，炎症性肠病可选用氨基水杨酸制剂、糖皮质激素及免疫抑制剂。严重的非感染性腹泻可用止泻药如双八面体蒙脱石等药物。 中成药可用藿香正气软胶囊，适于寒湿内盛型腹泻，穿心莲片适于湿热伤中型腹泻，连番止泻胶囊适于急性湿热伤中型泄泻，四神丸适于肾阳虚衰的久泻，补脾益肠丸适于脾胃虚弱型泄泻及慢性结肠炎、溃疡性结肠炎。具体用药需在医生得指导下服用。