复方甲氧那明胶囊的危害主要是有些患者应用后会有一定的皮疹、皮肤发红、瘙痒、恶心、呕吐、食欲不振、眩晕、心悸和排尿困难的情况的。如果出现了这些症状，则需要停用这种药物的。有心脏病的患者、高血压或者是高龄者、青光眼、甲亢或者是排尿困难的患者，这种情况下尽量不要应用这种药物，如果必须应用必须在医生的嘱托下进行少量服用。因为这种药物会容易引起困倦，所以进行驾驶工作或者操作机械的人尽量不要应用这种药物。发热中的儿童以及有痉挛使的儿童也尽量不要应用的，容易引起病情发作，导致病情加重。