肛周脓肿形成的原因主要是中央间隙感染导致，直肠肛管周围脓肿的感染灶多来源于肛腺。因肛窦开口向上，粪便易进入或损伤肛窦，导致感染。感染通过腺体的管状分支沿肛腺导管穿过内括约肌，侵入内外括约肌之间，形成肌间隙脓肿，也称为中央间隙脓肿，系始发病灶，随后脓肿沿着纤维隔向各处扩散。肛周脓肿形成的原因主要还是与肛腺损伤有关，干结的粪便还有刀枪等锐器直接损伤肛门直肠都会导致感染，并向四周组织扩散，从而形成肛周脓肿。