毛囊炎疙瘩的治疗分为以下两种：1、痤疮丙酸杆菌感染引起的，可以口服盐酸米诺环素胶囊、多西环素片，以及可以口服异维A酸软胶囊、维胺酯胶囊，外用维胺酯维E乳膏、阿达帕林凝胶、过氧化苯甲酰凝胶、克林霉素磷酸酯凝胶、夫西地酸乳膏、复方多粘菌素B软膏。2、由于糠秕孢子菌感染引起的毛囊炎，需要化验真菌，如果真菌是阳性的即可确诊，可以外用盐酸特比萘芬喷雾剂、克霉唑软膏、萘替芬酮康唑乳膏或者其他的抗真菌药，并且需要忌食辛辣刺激性饮食。