脑囊肿手术是否危险很大程度取决于脑囊肿所发生的位置。如果脑囊肿位于大脑半球比较表浅的位置，对于该类手术，其风险性相对较小，因为手术视野容易暴露，操作相对简单，手术的危险性也就越小。对于深部的脑囊肿，尤其是发生在脑干部位的囊肿，其手术的危险性大大增加，因为脑干是人体的生命中枢。如果手术操作不慎，可能会引起呼吸、心跳停止，就算手术顺利，也有可能引起相应神经功能受损，所以脑囊肿手术是否危险主要取决于脑囊肿的位置。