巧克力囊肿如果比较小没有明显的临床症状，可以给予口服地诺孕素或短效避孕药。但是如果比较大的巧克力囊肿需要进行手术治疗。手术中需要根据术中的情况决定是切除换侧附件还是就切除囊肿。手术方式需要根据患者的年龄、囊肿的大小、生育要求而综合考虑，年轻女性有生育要求时可以单纯的剥除囊肿而保留卵巢。如果已经完成生育或年纪比较大的女性可以选择患侧附件切除术，巧克力囊肿手术之后还需要给予药物继续治疗以免囊肿再次发生。巧克力囊肿手术后也是需要长期管理的。