肝内血管瘤的病因目前还未完全明确，可能与先天性的肝脏末梢血管畸形所致。在胚胎发育的过程中，由于肝血管发育异常，引起血管内皮细胞的异常增生，形成肝血管瘤。其次，雌激素的刺激，通常也被认为是肝血管瘤可能的发病因素，女性青春期怀孕、口服避孕药等可使血管瘤的生长速度加快。这与女性的发病率略高于男性的流行病学证据相符合。同时，毛细血管组织感染后变形也被认为是本病的可能致病因素。