病毒性脑炎的治疗最重要的是早期诊断和及时规范的治疗。目前的治疗方案主要以抗病毒治疗为主，常用的药物是阿昔洛韦和更昔洛韦；还可以加用糖皮质激素减轻炎症反应；存在颅高压征象的患者，需要加用脱水降颅压药物；合并癫痫发作的患者，需要加用抗癫痫药物；合并细菌感染的患者，还需要给予抗菌素治疗；存在肢体瘫痪或者其他并发症的患者给予对症治疗；有抵抗力比较低的患者，还可以加用转移因子等调节免疫力。多数病毒性脑炎积极治疗后的预后是比较好的，如果治疗不及时，以及部分重症患者可以危及生命，大约有10%左右的患者可以残留神经系统后遗症。