肝内胆管结石的治疗原则是，祛除病灶、取净结石、矫正狭窄、通畅引流、防治复发，手术才是治疗肝内胆管结石的主要方法。主要的手术方式包括胆管切开取石、肝部分切除，以及肝门部胆管狭窄的修复重建和肝移植术。但是由于肝内胆管结石的位置比较隐蔽，同时患者常存在肝内胆管结石狭窄的症状，单纯的手术方式也无法将肝内胆管结石彻底取净，容易产生结石残留和复发，所以临床上往往需要口服一些内科药物来进行辅助治疗，这些药物多数是以消炎利胆的药物为主，同时配合一些熊去氧胆酸等，只有这样才能够取得相对较好的治疗效果。