判断是否有肛瘘可以通过临床症状、查体以及辅助检查。患者常常表现为自外口流脓、流血，通常在肛门周围皮肤上见有外口，一般通过视诊也可以明确外口的位置以及数目。还可以通过指诊，有时可以触及纤维化条索肿块或硬结。还可以通过探针检查，弄清楚瘘管走行方向以及内口的部位。还可以通过肛门镜检查，一般在内口处见到黏膜充血、水肿、凹陷或结节。还可以通过CT或磁共振检查，明确肛瘘的存在。一旦得了此病，积极的行手术治疗，根据瘘管位置的高低不同，选择不同的手术方式，可以行肛瘘切除术，适用于低位肛瘘的治疗，还可以行高位肛瘘切开挂线治疗。